尿道口尖锐湿疣由于位置特殊，相对治疗困难一些。如果比较接近尿道口外侧，可以采取局部的冷冻、激光、电离子烧灼的物理疗法来去除疣体。另外，可以采取一些抗病毒或细胞毒性药物来治疗，比如局部外涂鬼臼毒素、派特灵、氟尿嘧啶软膏以及干扰素等，也能起到一定的治疗作用。
适合尿道口尖锐湿疣的有一种方法，就是艾拉光动力治疗，可以起到明显减少尖锐湿疣复发的作用，主要是局部外用光敏剂，然后采取特定的光照，可以使用光纤导管进行照射，效果比较肯定。另外，要注意全身的调理，必要时可以服用转移因子、胸腺肽等提高免疫力的药物。要注意避免劳累，保证休息，在治疗期间避免性行为，以免传染他人。