肝胆管的结石治疗主要看是否引起相应的症状，以及肝内的相关异常。如果结石较少，没有任何的症状，可以先观察，定期的复查、随访。
如果结石较多，引起相应的反复感染的症状，如腹痛、发热、黄疸以及引起相关肝内的异常病变，如局部性的肝萎缩、肝脓肿、胆汁性肝硬化等。
这类情况下的治疗需要考虑手术治疗，手术治疗包含胆管切开取石或者结合肝的部分切除，才能清除肝内胆管的结石。
如果有行肝切除手术时，手术相对较大，术后要定期的复查、随访，以清晰的展示是否还有残余结石。如果还有残余结石，需要密切的复查、随访，以防止远期肝内胆管癌的发生。