溃疡性结直肠炎主要表现为腹泻与腹痛，部分患者可有发热等全身表现，还有一部分患者有关节痛等胃肠外表现，通常溃疡性结直肠炎的患者症状与病变范围和严重程度呈正比。腹泻主要是黏液脓血便，极少数有黄色稀糊状或水样便，腹泻次数和性状与病变严重程度、部位有关，轻者每天2-4次，重者可达每日30-40次，少数有便秘和腹泻交替出现。
直肠炎常有明显的里急后重感或便秘，腹痛随病变而轻重不同，轻者只是存在腹部不适感，重者可出现阵发性、痉挛性疼痛，排便后可以减轻或者缓解。当病变累及浆膜面时，可表现为持续性剧痛，部分患者还出现肠外的表现，如关节炎、结节性红斑、强直性脊柱炎、口腔溃疡等。