目前治疗扁桃体结石没有特效药。当扁桃体结石伴有扁桃体发炎时，医生可以给患者推荐短期使用的抗生素来缓解症状，比如口服头孢类的药物。
另外可以口服漱口液，漱口每天两次，可以起到杀菌的作用，减少细菌所致的结石。
有时候可以使患者口服抗组胺的药物，可以减少咽喉黏液的问题，注意消除扁桃体结石引起的肿胀，药物不能完全消除扁桃体结石。
所以如果出现扁桃体结石建议经常用漱口水漱口，每天两次。同时在饮食方面清淡饮食，避免辛辣刺激的食物，注意预防感冒。