卵巢巧囊也称为卵巢子宫内膜异位症，在绝大多数情况下不会发生癌变，但巧囊也可以出现子宫内膜增生和非典型性的增生，其中0.5%伴发恶性肿瘤，主要是子宫内膜样腺癌、透明细胞腺癌等，发生恶变的几率非常小。
卵巢巧囊在临床中主要常见于育龄妇女，常有痛经，可并发破裂或出血症状，肿瘤大体改变为红色、蓝色或暗褐色结节或囊肿，伴有浆膜纤维性粘连、囊肿内壁粗糙，呈暗褐色或黄褐色，含有脓稠的巧克力样物质，称为巧克力囊肿。
在显微镜下可以出现类似于子宫内膜的上皮和间质为诊断的特征，还可以出现大量含铁血黄素巨噬细胞，随着月经周期激素的波动而表现各异，经期可以出现腺体和间质出血，随后出现以组织细胞为主的炎症反应。巧克力囊肿在临床中通常以手术切除治疗为主，术后注意定期复查、密切随诊、防止复发。