氟康唑治疗念珠菌感染，如果是比较敏感的念珠菌，通常可以取得比较好的治疗效果。如果是耐药的念珠菌感染，比如对于克柔和光滑念珠菌，氟康唑有较高的耐药率，需要应用其他的抗真菌药物治疗，否则治疗效果会比较差。氟康唑有两种剂型，口服和静脉的剂型，无论是哪种剂型，生物利用度均比较高，而且组织分布的浓度也非常高，所以对于各个部位的敏感真菌感染，都可以取得比较好的治疗效果，相应情况如下：
1、肺部感染：氟康唑吸收之后，一般唾液、痰液中的浓度与血液中的浓度基本相当，所以可以治疗肺部感染。
2、真皮层感染：浓度比较高的是真皮层，真皮层浓度相当于血液浓度的五倍，所以对于皮肤、浅表指甲的真菌感染，有较好的治疗效果。对于指甲真菌感染，通常应用外用乳剂、外用药物，因为不能够很好的渗透到指甲下，所以治疗效果不好。如果选用氟康唑治疗，局部真皮层的浓度比较高，可以透过指甲，所以对于这种浅表指甲的真菌的感染可以取得比较好的疗效。
3、脑部感染：可以透过血-脑屏障，如果中枢白色念珠菌感染，可以应用氟康唑治疗，通常脑脊液浓度可以达到血浆浓度的80%。
4、泌尿系统感染：也可以透过透析液，肾脏的浓度比较高，所以对于泌尿系统的白色念珠菌或其他念珠菌感染，也可以取得比较好的疗效。
