灰指甲是由真菌感染甲板以及甲下组织，而导致的一种常见的真菌性疾病，它在临床当中被叫做甲癣。
目前氟康唑并不作为首先推荐甲癣的口服抗真菌药的选择，
目前在临床中常推荐的还是特比萘芬、伊曲康唑。氟康唑本身并不具备直接杀灭真菌的作用，但它可以起到抑制真菌生长的作用，在文章研究中还有临床药理学研究中可以发现，氟康唑在病甲中浓度的分布其实要远低于特比萘芬、伊曲康唑。
所以如果要达到同等的药物治疗浓度，伊曲康唑、特比萘酚的用量往往要远小于氟康唑，或者氟康唑可以延长用药时间。所以氟康唑虽然可以达到治疗作用，但从时间上会远远的增加，或者在服药的安全性上会有一定的考虑。所以目前在临床中并不推荐患者先应用氟康唑来治疗灰指甲。