甲氨蝶呤治疗宫外孕的副作用，主要表现在以下几个方面：
第一、胃肠道反应：比如恶心、呕吐，还可能引起胃炎、腹泻，有的表现为口腔炎、口腔溃疡等。
第二、骨髓抑制反应：表现为白细胞下降，对血小板也有一定的影响，可以引起血小板的下降。白细胞下降导致免疫力降低，所以容易继发感染，特别是上呼吸道感染，血小板下降比较严重的时候，可能会出现皮肤内脏的出血，如果是轻症的血小板下降，常会引起口腔黏膜在刷牙的时候出血。
第三、肝功能的影响：导致肝功能损害，引起血清转氨酶的升高，或者导致药物性肝炎。
第四、肾功能的损害：导致血尿、蛋白尿、尿少、氮质血症、尿毒症等。
第五、其他表现：甲氨蝶呤可以杀胚，也可以导致胚胎畸形，所以如果是宫内早孕，妊娠期间使用甲氨蝶呤可以导致畸胎，还可以出现脱发、皮炎、色素沉着以及药物性肺炎等。