丙肝病毒的基因分型根据基因序列的不同分为六个型别，为1型、2型、3型、4型、5型、6型，不同的基因型又分为不同的亚型，比如1型又分为1A型、1B型，2型又分为2A型、2B型、2C型，3型又分为3A型、3B型，4型和5型我国没有，6型又分为6A型、6B型和6C型。基因型在我国最多见的是1B型，还有一些2A型，南方一些城市基因型比较多样化。我国存在1型、2型、3型、6型，没有4型和5型的丙肝病毒，其中还有10%为混合型或者无法确定的基因型。
丙肝病毒不同的基因型，采取的抗病毒治疗措施有所区别。通常丙肝病毒的感染，首先应该进行HCV RNA的检测，如果HCV RNA为阳性，确定有丙肝病毒感染，然后再进一步进行分型。分型明确后再根据不同的型别，选择有针对性的抗病毒的药物来治疗。目前针对丙肝病毒的抗病毒治疗，有一些抗病毒药是特殊型别的治疗，比如针对1B型的抗病毒药物，针对2A型的特殊药物，还有一些泛基因型药物，也就是无论哪一型的丙肝病毒感染，都可以使用的抗病毒药物。