肛瘘如果诊断明确需要手术治疗，只有手术才能治愈，如果不做手术，会有一定的危害，肛瘘是肛周脓肿自行破溃或行切开引流术后形成的。肛瘘的症状是反复感染、肿胀疼痛、破溃流脓，肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害，如肛门疼痛、肛门瘙痒、肛周湿疹等，肛瘘瘘口、瘘管还可能继续增加，形成复杂性肛瘘，给治疗带来困难，而且也会影响到肛门的生理功能。
如果感染继续加重，再次形成脓肿，脓肿蔓延，甚至可能形成全身脓毒血症，脓肿的感染灶可能向深部间隙扩散，形成范围较大的脓肿，脓液可从皮下蔓延到坐骨直肠窝，从患侧经组织间隙蔓延到对侧，又可经内外括约肌之间向上穿破肛提肌进入盆腔，形成腹膜炎，甚至出现全身脓毒症。如果肛瘘持续存在，多年未治或误治的慢性肛瘘，还有癌变的可能。