尖锐湿疣患者可以涂用3.75%或5%的咪喹莫特乳膏，还有0.15%或0.5%的鬼臼毒素软膏。在医院内治疗时，也可以选用80%-90%的三氯乙酸溶液，偶尔会通过皮损内注射干扰素的方法治疗尖锐湿疣。但与其他治疗联合应用才会更有效，单纯药物治疗一般疗效不佳，医生会根据皮损大小、数量、位置、治疗花费，还有治疗副作用、患者经历等，选定合适的治疗方案，采取综合治疗措施以达到满意的疗效。
尖锐湿疣的治疗目的是尽早清除肉眼可见的疣体，改善症状，并减少复发、改善精神压力，以及满足美观的需求，通常除药物治疗外，还可能会选择物理治疗、手术治疗等。大多数患者治疗后皮损可以改善或消退，治疗可能会减少人乳头瘤病毒感染，但可能不会根除感染。如果选择不治疗，尖锐湿疣也可能会自行消退、保持不变，或增多、增大。