多发性硬化症是免疫异常所引起的自身性免疫性疾病，主要是细胞免疫参与其中，目前病因尚不完全清楚，考虑免疫是最主要的因素。
患者可能有病毒感染史，病毒侵入体内，体内产生抗体，由于病毒的某些成分和自身神经成分相似，因此产生的抗体可能错误的攻击自身神经系统，造成神经脱髓鞘而引发疾病。部分研究还显示多发性硬化症的发病可能有遗传因素，多发性硬化症有遗传倾向性，是多基因遗传，父母患多发性硬化症，子女患病概率要比一般人群高。
此外，环境因素也比较重要，研究显示寒冷地区的人群发病率相对比较高。总之，多发性硬化症的病因目前尚不完全清楚，但考虑主要是免疫异常所引起的。