细菌性肝脓肿与阿米巴肝脓肿的区别主要体现在以下几点：
1、病史：细菌性肝脓肿主要见于胆道感染或化脓性感染疾病之后，而阿米巴性肝脓肿主要继发于阿米巴痢疾之后。
2、症状：导致细菌性肝脓肿的原因是细菌感染，可有严重的全身中毒反应、寒战、高热，通常发病较急，而阿米巴性肝脓肿发病较为缓慢，病程也较长，发热多不规则。
3、血液化验：导致细菌性肝脓肿的原因主要是细菌感染，故会导致白细胞、中性粒细胞明显升高，还有血培养细菌阳性。阿米巴性肝脓肿血白细胞计数也可以升高，但如果没有继发细菌感染，其血培养细菌呈阴性，而血清学的阿米巴抗体检测呈阳性，其白细胞计数增加比细菌性肝脓肿低。
4、粪便检查：阿米巴性肝脓肿患者粪便里面可能会找到阿米巴的滋养体。
5、脓液：细菌性肝脓肿脓液多呈黄白色脓液，而阿米巴性肝脓肿大多呈棕褐色脓液。
6、治疗：阿米巴性肝脓肿治疗时使用抗阿米巴药物治疗可以有效地控制，但细菌性肝脓肿使用阿米巴药物治疗往往并没有太大效果。