治疗肾结石的药物有很多，不同的结石、不同的成分、不同的情况，应用肾结石的药物也是不同的。肾结石根据成分的不同，分为碱性结石和酸性结石，其中碱性结石包括碳酸钙结石、碳酸镁结石、磷酸盐结石等等，而酸性结石包括草酸盐结石以及尿酸盐结石。所以，不同的治疗药物可能对结石的作用是不一样的，总体来说不管哪种结石都需要多喝水，促进钙质从尿液中的排泄，减少钙质在肾脏的沉积，减少结石形成的速度。
如果肾结石是碱性结石，可以应用多喝水，减少含钙物质，像碳酸钙、磷酸钙的摄入来治疗，同时可以应用某些排除碱性结石的药物。如果是酸性结石，例如草酸钙、尿酸钙结石，除了减少钙质的摄入以外，可以服用小苏打来促进钙质的沉积，沉淀以后形成的结石减少，减少维生素C、草酸盐结石，降低血中尿酸的升高，从而减少尿酸结石和草酸结石的形成。