色甘酸钠是治疗过敏性结膜炎的常用滴眼液，过敏性结膜炎是由IgE介导的1型变态反应，通常在春季空气中花粉浓度升高，当人类接触过敏原6-12h之后发病，48-72h达到高峰，可以持续数天。
治疗过敏性结膜炎分为肥大细胞稳定剂、抗组胺药物，以及二者的混合类药物，色甘酸钠属于肥大细胞稳定剂，在治疗过敏性结膜炎中可以阻止肥大细胞脱颗粒，进而减少IgE的释放，减少1型变态反应的发生，达到解除过敏症状的目的。