非紧急情况下，月经期第二天不能做阴道彩超。阴道流血是做阴道彩超的一个相对的禁忌症，因为阴道流血的情况下做阴道彩超能够增加阴道感染或者是上行感染的几率，同时由于阴道彩超的刺激，也容易出现子宫内膜异位症，所以建议在月经期第二天做彩超时，不要选择做阴道彩超，可以进行腹部彩超检查。
在紧急情况下，比如怀疑是非正常的月经，有宫外孕的可能性，或者患者出现急腹症，出现了严重的腹痛，但是没有尿，这种情况下无法做腹部彩超，只能通过阴道彩超检查，还有患者已经昏迷等特殊情况，则可以选择做阴道彩超。做阴道彩超时医生会格外的注意，会尽最大可能避免出现感染，或者是其他异常的可能性。