甲氨蝶呤的副作用，最常见的主要有消化道的反应，如口腔炎、口唇溃疡、咽炎、恶心、呕吐、胃炎以及腹泻，长期服用也会出现白细胞降低、骨髓抑制。另外，甲氨蝶呤对肝脏功能也有损害，甲氨蝶呤是抗叶酸类的抗肿瘤药，主要通过对二氢叶酸还原酶的抑制，而达到阻止肿瘤细胞的合成，抑制肿瘤细胞的生长与繁殖，降低免疫引起的炎症反应，还具有抑制免疫的作用，所以它对风湿性疾病以及肿瘤等有很好的治疗作用，但用法用量不尽相同。用于风湿免疫病时甲氨蝶呤需要每周吃一次，另外最大剂量不超过四片，服用期间应定期复查血常规及肝功能，避免造成骨髓抑制合并严重的感染。