泮托拉唑肠溶胶囊和奥美拉唑都属于质子泵抑制剂，但在临床效果和副作用上有一定差别。质子泵抑制剂是治疗消化道溃疡最先进的一类药物，常用的有五种药，第一代是奥美拉唑，第二代是兰索拉唑，第三代是泮托拉唑、雷贝拉唑和埃索美拉唑。五种药物临床应用大致相同，但不良反应和效果有较大区别，要根据患者的病情来区分和选择。
奥美拉唑常见的副作用，有头痛、恶心、腹泻、便秘、腹胀等不适症状。泮托拉唑作为第三代质子泵抑制剂，副作用比较少，仅有轻微的头痛、腹泻、恶心症状，生物利用度比奥美拉唑提高了七倍，并且与其它药物配伍使用时，安全性和有效性均高于奥美拉唑和兰索拉唑，所以泮托拉唑在临床上应用比较广泛。