早期的附睾结核通常使用抗结核药物治疗，首选药物有吡嗪酰胺、异烟肼、利福平、链霉素等杀菌药物，还有一些二线药物，比如乙胺丁醇、环丝氨酸、乙硫异酰胺等抑菌药。
抗结核药物的治疗原则为早期、适量、联合、规律和全程，但是如果病变较重，疗效不好，已经有脓肿或者是阴囊皮肤窦道形成，应该在抗结核治疗的配合下做附睾切除术。手术应该尽可能的保留睾丸组织，需要特别注意的是附睾结核很少有单独发作，多数都伴有泌尿生殖系统的其他结核，比如前列腺结核、输精管结核、膀胱结核、肾结核等。另外，也有可能存在身体其他器官系统的结核，比如肺结核、骨结核、消化道结核、淋巴结核等，因此不要单独治疗附睾结核，而遗漏其他部位的结核。