儿童自闭症的形成原因至今还不是十分清楚，医学界尚没有得出比较明确的结论，目前倾向于是由多种不良因素共同作用的结果，如遗传因素、脑结构异常、不良的环境因素，影响了儿童正常脑发育与功能的发挥。目前还有以下假说：
1、氧化应激假说，认为是颅内的过氧化物增多，抗氧化能力降低。
2、免疫异常，包括母孕期和儿童出生后免疫功能的异常。
3、脑一肠轴假说，认为是肠道菌群失调导致了免疫功能异常，营养转化吸收困难，影响了儿童神经系统发育。
4、兴奋抑制假说，谷氨酸和γ－氨基丁酸失衡，导致脑功能异常。
5、神经肽类假说，包括催产素、精氨酸、垂体加压素、褪黑素的异常。
6、内源性大麻素假说。
7、离子通道异常假说。
8、营养缺乏假说，包括叶酸、维生素D、维生素B族等，因为外源性或者内源性的原因导致缺乏。
9、如重金属污染、空气污染等诱发因素，母孕期的一些不利因素，如母亲先兆流产史、孕期的病毒感染、吸烟、服用了某些药物、情绪不稳，胎儿出生时有缺氧、窒息，后天的环境，小儿大脑发育的关键期有些不良的环境因素，环境的污染影响了孩子的脑发育等。