肛周脓肿的确诊，主要是通过直肠指诊和临床症状，B超检查等来确诊。肛周脓肿直肠指诊，主要是医生通过用手指触摸肛门周围的脓肿部位，观察是否有异常的出血点，局部的肛周皮肤是否有压痛，脓肿的部位是否有硬结等表现。
肛周脓肿的临床表现，主要是患者能够自我感觉到肛周部位的皮肤有一到多个的硬结，硬结摸起来会有疼痛。而且在吃上火辛辣刺激的东西或者是喝酒后，硬结会表现的剧痛，不能忍受。如果脓肿破裂后，会在内裤上看到血性或者是黄色的分泌物。
而肛周脓肿的B超检查，主要是通过仪器确定脓肿的部位，以及窦道的条数跟局部的走向，是否破溃等。