在肛肠疾病的诊断过程中，肛肠镜是常用的一种检查手段。肛肠镜是一种置入性的器械，对肛门本身并不会产生实质的损害，但是由于肛门结构的特殊性，在置入肛门镜时，肛周的肌肉会产生剧烈的收缩进而导致不适感，通常不会导致疼痛。
一般情况下为了减轻肛肠镜带来疼痛和不适感，医生在进行肛肠镜检查之前会适当应用一些局部麻醉药物。这些麻醉药物大多是凝胶类制剂，能够起到肛门镜的润滑和肛周软组织、肌肉的麻醉作用，还能起到良好的解痉作用。在做肛肠镜的时候，医生还会根据具体病变的位置和特点决定是否采取病理活检，在这种情况下如果取材，有时候会患者在手术以后出现轻微的疼痛，只要没有出现严重的出血和穿孔，一般都不会对患者造成较大的健康影响。
患者在做肠镜检查前应该做好充分的肠道的准备工作，检查前3天应该吃无渣或者少渣的半流质食物，不可以食用蔬菜和水果，并且在检查前3日应遵医嘱停止服用铁剂药品。