肛周脓肿和肛瘘可能是同一个疾病的不同阶段，主要分析如下：
1、肛周脓肿：因为肛门附近的肛隐窝旁边存在肛腺的开口，如果从肛腺进入致病菌，导致了肛门周围间隙产生脓肿，因为间隙存在脂肪，感染很容易化脓，常见的有坐骨直肠窝间隙、骨盆直肠窝间隙和肛周表层的间隙，都有可能存在化脓感染的现象，因此形成肛周脓肿，肛周脓肿随着逐渐的化脓感染破溃，脓液流出来之后就形成了肛瘘。
2、肛瘘：由一个原发性的内口、继发性的外口和病理性的管道组成，一般是因肛周脓肿发展而来，肛周脓肿破溃时间长了，因为反复的感染就会形成肛瘘，但是有一部分肛周脓肿可以自愈，只是一少部分。
腺源性的肛周脓肿和肛瘘符合以上规律，是同一个疾病的不同阶段，但是克罗恩病的肛瘘跟肛周脓肿没有关系。