遗精后小便刺痛最常见于慢性前列腺炎，由于慢性前列腺炎致病微生物会引起精液发生细菌感染，当精液发生感染时，由于感染性致病微生物随射精排到后尿道，会引起尿道刺痛症状。
感染性致病微生物还可以引起尿道黏膜水肿、糜烂，出现遗精后小便刺痛症状。病人出现上述症状时需及时到泌尿外科就医，通过精液细菌、支原体、衣原体、厌氧菌培养，多数病人能够找到致病微生物。通过选择有效的抗生素和中成药物联合治疗，多数病人遗精后小便刺痛症状会彻底好转。