沙眼的病程分为急性期、慢性期和瘢痕期，在急性期的时候，会出现眼睛红肿、痒、流眼泪。
这个阶段的时候需要用抗生素治疗，控制病变，随着病变的发展，逐渐到了一个慢性的瘢痕期，这个时候的症状主要是眼睛干涩、异物感或者是有流泪的情况，也时常会伴有眼睛痒的感觉。
沙眼慢性期的时候，往往眼睛结膜的表面会形成一些瘢痕。
这种瘢痕会引起一些病发的症状，比如形成内翻倒睫以及睑结膜和球结膜粘连，角膜可以出现沙眼性引起的病变，还可能发生慢性泪囊炎，所以沙眼一定要及时的治疗。
另外沙眼还具有传染性，一定注意如果周围有沙眼的患者，一定要注意消毒、卫生以及隔离。