输尿管中段结石可以经体外碎石治疗，对于输尿管中段结石急性梗阻的患者，如果是首次发病，病程较短，考虑先行体外碎石治疗，但是并不是体外碎石治疗能治疗所有的输尿管中段结石。
针对输尿管中段结石体外碎石治疗2-3次，结石梗阻不能缓解者，或输尿管中段结石急性梗阻并发严重的肾积水或感染者，或体检意外发现输尿管中段结石，已经并发了严重的肾积水者，则需要及早行手术治疗。
手术方式是经尿道输尿管镜下输尿管结石钬激光碎石术，或经皮肾镜超声碎石清石术，以及早解除输尿管梗阻，避免并发严重的肾功能损害和感染。