睾丸萎缩最常见的原因，就是在儿童期曾经得过流行性腮腺炎，腮腺炎病毒会导致病毒性睾丸炎，成年后睾丸就会萎缩。另一个常见原因就是精索静脉曲张，因为静脉回流不畅，睾丸逐渐萎缩。
还有睾丸扭转的患者，有些患者突然出现睾丸疼痛、睾丸扭转，没有及时治疗，在阴囊里，扭转之后的睾丸因为动脉的痉挛，供血不足，就会逐渐出现睾丸萎缩。睾丸外伤造成阴囊血肿，睾丸破裂，将来有可能出现睾丸萎缩。有些人吃了雌激素的药物，长期服用后也会导致睾丸萎缩。