男性尖锐湿疣多发生于龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、肛周，或者肛管内。男性尖锐湿疣的治疗，应该根据疣体发病部位、疣体多少来选择。如果要是发生在外生殖器，疣体比较小，最好选择激光、微波，或者冷冻治疗。
如果疣体泛发，融合成片，最好选择外用药物，像竹叶草脂涂剂、鬼臼毒素酊等。如果要是在尿道口的尖锐湿疣，最好先用利多卡因凝胶麻醉后行微波手术。如果要是肛管内的尖锐湿疣，应该去肛肠科手术，才能够彻底治愈。