抑郁症的神经内分泌功能异常导致了激素水平紊乱，常见的发现是下丘脑-垂体-肾上腺轴的功能异常，导致了皮质醇的水平异常，还有下丘脑-垂体-甲状腺轴的功能也异常，某些甲状腺的功能也出现了紊乱。
还有下丘脑-垂体生长素的分泌也出现了紊乱，所以有一些皮质醇的分泌在夜间不能被抑制，因而出现了问题，像5-羟色胺，还有去甲肾上腺素等，这些神经递质的水平异常都与神经内分泌的异常有关系，因而出现了情绪的低落。