正柴胡饮颗粒属于中成药，上市后的不良反应报告显示，此药按照说明书推荐的剂量和疗程，辨证合理使用还比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者出现食欲不振、恶心、呕吐、腹泻等胃肠道反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
出现胃肠道不良反应的患者，以及平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率，还有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等不良反应。对此药过敏者禁用，此药的药性温热，表现为发热明显、微恶风、有汗、口渴、鼻流浊涕、咽喉肿痛、咳吐黄痰的风热感冒患者不适合使用。服药三天症状无缓解，应去医院就诊。