女性闭经首先应该查询为什么会出现闭经，假设闭经的原因在于女性的内分泌轴，也就是下丘脑–垂体–性腺轴。如果是这一类的闭经，大多数都是由于高雄激素，或者垂体泌乳素瘤等这一类的疾病所引起，由于这一类的疾病会导致体内的雌激素水平和孕激素水平整体的偏低，所以就能够让子宫内膜出现没有增生的改变，也没有从增殖期转变呈分泌期的改变，就会出现闭经。
长时间的低雌激素和孕激素的状态下，将会导致女性骨质的流失，在很短的时间之内将有可能会出现骨质疏松。同时雌孕激素水平对于女性的心脑血管疾病，也有一定的保护作用，所以长此下去有可能会导致未来心脑血管的疾病，以及血栓性的疾病等增加。
除此之外，由于女性的激素水平长时间的下降，也有可能会导致阴道的黏膜出现萎缩，而出现老年性的阴道炎，或者是在性生活的时候带来的干涩、不适等不好的影响。另外可能就是达不到闭经的诊断，所谓的闭经是需要连续停经六个月经周期，而有可能仅仅是停经1-2个月经周期，又会复而出现较多的阴道出血。这种情况就是没有周期性的排卵，而导致子宫内膜不规则的增生，这样一种增生长时间的刺激下去，将会诱发子宫内膜癌的风险。