肠易激综合征的治疗主要是积极寻找并去除诱发因素，以及对症治疗，要综合治疗和个体化的治疗相结合。首先要询问病史，寻找触发因素并设法予以去除，主要是情绪、睡眠、生活规律等因素导致的，这时要和病人详细沟通，解释该病的发病机制以及后果，获得病人心理上的理解，并建立患者治好疾病的信心。
同时在饮食上要避免诱发症状的食物，比如要避免产气的食物，如大豆、乳制品，对于失眠和焦虑者可以适当给予镇静的药物，针对主要的症状可以采取药物治疗。如果经常出现腹痛，可以给予胃肠解痉的药物，比如匹维溴铵等来进行解痉止痛治疗。
对腹泻的患者可以口服洛哌丁胺等止泻治疗，或者口服蒙脱石散止泻。对于有便秘的患者，也可以使用缓泻剂来改善便秘的症状，比如乳果糖口服液。如果有抑郁或者焦虑的现象，也可以给予相关的抗抑郁和抗焦虑药物。此外，对于肠道菌群的药物也会对改善症状有一定效果，比如双歧杆菌、乳酸杆菌等。