导致新生儿便血的原因很多，先要排除假性便血，常见的如母亲阴道有出血，或者胎盘早剥，导致胎儿在分娩过程中吞咽了母血，从而导致新生儿便血。还有孕母有乳头皲裂出血，也会导致新生儿出现假性便血。
另外，要考虑新生儿全身出血性疾病，如严重的血小板减少，或者重症感染、DIC引起的消化道出血，从而发生便血。也要排除消化道出血性疾病，如应激性溃疡、反流性食道炎、急性胃肠炎、肠梗阻、肛门直肠或者乙状结肠疾病等，都可以导致新生儿出现便血。总之，新生儿便血是一种典型很重的临床症状，要积极寻找引起便血的原因，针对原发病进行治疗。