对于肥厚型心肌病的治疗，分为肥厚性梗阻性心肌病的治疗和非梗阻性肥厚型心肌病的治疗。如果是非梗阻性肥厚型心肌病的治疗，没有任何的伴随症状，可以用改善预后的药物治疗，比如ACEI类的药物，可以抑制心肌肥厚。还应该给予β受体阻滞剂，因为β受体阻滞剂可以抑制心肌重构、交感神经兴奋，防止心肌耗氧增加。如果是肥厚性梗阻性心肌病，患者会出现很多临床症状，可能会出现心衰、晕厥或者猝死，需要进行治疗。除了上述药物治疗之外，还包括酒精消融介入手术治疗或者外科的切除手术治疗等。