鞍区肿瘤手术相对脑部的其他大部分位置来说，风险相对大些，因为鞍区的占位比较常见的主要是大脑神经垂体瘤、颅咽管瘤、大脑垂体拉克氏囊肿。鞍区这个位置非常深，附近有很多重要的神经结构以及血管，所以手术难度以及出血的风险比其他的部位要高一些。
随着近年来对鞍区解剖结构的不断认识，以及显微外科技术的不断进步，手术者手术操作技巧的不断提高，手术风险已经大大降低，术后致残率、致死率已经下降到1%以下。因此，现在鞍区肿瘤手术风险总体不大，还算是比较安全。