牙髓炎做完根管治疗以后有少数人还会出现疼痛。可能是由急性的根尖周炎引起的疼痛，也有可能是残髓炎引起的疼痛。
牙髓炎做完根管治疗已经是去除了牙髓，进行了根管冲洗、根管预备、根管充填，但是有可能因为牙髓失活剂或者根管消毒药物对根尖周围组织有化学性的刺激，也有可能是根管过度预备或者是根管超填，对根尖周围组织有机械的刺激。还有根管当中残存的细菌，对根尖周围组织的生物性刺激，或者是多种因素共同刺激，可以引起根尖周围组织产生炎症，会出现剧烈的咬合痛。
由于根管系统解剖学非常复杂，有的有侧支根管或者是副根管，或者是有非常细小的根管，牙髓组织不能完全拔尽。也有可能是也牙神经出现了肿胀，切断的时候也会产生自发性的兴奋，而出现残髓炎，出现急性的自发性的剧烈的疼痛。