系统性红斑狼疮是一种病因不明的，累及多器官、多系统的结缔组织疾病，虽然病因尚未完全明了，但目前的研究认为可能与下列因素有关：
第一、遗传因素，系统性红斑狼疮的发病有家族聚集倾向，遗传概率大概是43%左右，目前通过遗传学的方法已经确定了多个系统性红斑狼疮的易感基因。
第二、性激素，系统性红斑狼疮多见于育龄期的女性，妊娠可以诱发或加重系统性红斑狼疮。
第三、环境因素以及其它因素，紫外线照射可以使狼疮加重或诱发。除此之外，某些药物例如甲基多巴、异烟肼、青霉素和生物制剂也可以诱发药物性的红斑狼疮。感染例如链球菌的感染、EB病毒的感染，也可以诱发或加重本病。
综上所述狼疮的发病与患者自身的遗传易感性有关，也与患者个人的免疫异常有关，在遗传易感的基础上，多种环境因素导致患者自身免疫相关基因过度表达，体内产生多种自身抗体，这些抗体通过超敏反应引起多器官、多系统的损伤，从而导致狼疮的发生与发展。