非典型川崎病的危害主要在两个方面：
1、延误诊断：非典型川崎病因为不是那么典型，所以容易引起诊断的延误，导致治疗的延误，从而出现心血管并发症，尤其是冠状动脉病变的并发症，要比典型的川崎病更高。
2、治疗延迟：非典型川崎病因为诊断比较困难，治疗也比较延迟，很容易转成重症的川崎病，这个时候就会出现像川崎病休克综合征、川崎病合并失代偿性炎症反应综合征等，这些比较严重的病变从而导致治疗起来相对更加困难。
非典型川崎病与典型川崎病相比并没有其他很特殊的方面，这就是非典型性川崎病危害的两大方面。