小孩手足口病大多数患者症状轻微，可以伴有或者是不伴有发热。一般来说是以手掌、足底、口腔和臀部等部位散在的皮疹，或者是疱疹为主要的临床症状。少数患者可以伴有多种并发症，极个别重症的患者病情进展快，可以发生死亡。
手足口病的潜伏期一般多为2-10天，平均3-5天，在发病早期患者常表现为疲倦、食欲下降，有低热、身体不适、腹部疼痛等前驱症状。发热1-2天之后可以在口腔黏膜、手掌、足底、臀部出现疱疹，极少数可以出现有中枢神经系统的损害，类似脑炎、脑膜炎的症状，也有少数患者可以出现心功能衰竭。