普通的肝囊肿一般不会引起肝区的疼痛，大部分肝囊肿没有明显的症状。但如果肝囊肿较大引起压迫症状，会出现右上腹的肝区胀痛的感觉。
如果肝囊肿内部出现出血、感染、胆漏等情况，会导致囊肿的压力增大或者囊肿合并感染，从而出现相应肝区疼痛的症状。所以肝囊肿如果出现肝区疼痛，需要进一步的检查，看肝囊肿是否有合并相应的问题。如果没有任何问题，也需要进一步排除肝区疼痛是否有其他原因而引起，常见的肝区疼痛，如胆道炎症、胆道感染、肝内结石或者脂肪肝、酒精肝、病毒性肝炎引起的肝炎、肝损害等，都有可能会引起肝区疼痛。
肝囊肿患者平时要注意避免对于囊肿部位的碰撞，如果囊肿内发现出血或者继发感染，导致患者疼痛，严重的情况需要手术治疗。少部分肝囊肿是由于炎症所导致，在针对病因进行治疗的同时，日常生活中主要是避免饮酒，避免进食高脂、油腻食物，以免进一步加重肝脏的负担。