风湿性心脏病的预后和所累及的瓣膜是相关的，瓣膜病变的性质不同，预后也相对不同，其中最常见的是二尖瓣狭窄。二尖瓣狭窄出现症状，以及发生房颤、慢性心衰伴心脏扩大，及有栓塞病史者预后不良。
在未开展手术治疗的年代，本病十年的存活力，在无症状被确诊后的患者中为84%，症状较轻者为42%，中重度者为15%。死亡原因最常见的是心衰、血栓栓塞和感染性心内膜炎。还有是二尖瓣关闭不全，如果是因为乳头肌、腱索、瓣叶突发异常造成急性的严重二尖瓣关闭不全，伴血流动力学的不稳定。如果不及时手术干预，死亡率极高。对于一些慢性的重度二尖瓣关闭不全，内科治疗五年的存活率为80%，十年的存活率60%。
另外，主动脉瓣狭窄可多年无症状，无症状患者猝死率很低。但大部分狭窄呈进行性加重，一旦出现症状、病情恶化，除非施行外科矫正手术，否则预后都很不好。从出现症状起，平均生存期在心衰患者为两年，晕厥患者为三年，心绞痛患者为五年，死亡原因分别为左心衰、猝死和感染性心内膜炎。