男性生殖器上长出小水疱，最常见最可能的原因为生殖器疱疹病毒感染所致。但当染后可出现在龟头、冠状沟、尿道口或者阴茎皮肤、肛周、会阴区等皮肤出现小水疱样的表现，可表现为脓疱、溃疡，也可表现为尿道炎，伴有尿频、尿急、排尿疼痛等病史。部分患者可有疼痛、瘙痒、局部麻木，大部分患者也可无任何症状，大多都是通过不洁的性接触传播而来，属于性病的一种。确诊需要留取疱液作病毒的检测，如果检测出生殖器疱疹病毒，则可以确诊。建议积极治疗，如不治疗，病毒可潜伏在体内造成复发，复发后造成疱疹溃烂、破溃并且出现疼痛的神经症状。治疗需要抗病毒治疗，可以口服抗病毒药物。建议出现疱疹后，到医院进行专门的病毒检测治疗，予以排除或确诊，确诊后需要进行抗病毒的药物注射。