臀部毛囊炎的治疗主要选择抗生素治疗，对于局部外用药物治疗可以选择消炎、杀菌和干燥为主的外用药膏，比如2%莫匹罗星软膏或者夫西地酸软膏。应尽量减少选择其他类型抗生素外用制剂，以免诱导出现耐药性。
如果患者出现较明显渗液，可以选用呋喃西林溶液湿敷，或者用1:5000的高锰酸钾溶液清洗，也可以选用硫磺洗剂或者硫磺炉甘石洗剂，以及外用5%聚维酮碘。在物理治疗方面，患者可以选择紫外线或者氦氖激光照射的方式，能起到很好的消炎、杀菌目的。