乙脑通过蚊虫叮咬进行传播，病毒有较强的噬神经性，潜伏期10-15天，大多数患者症状较轻或者是无症状的隐性感染者，仅少数出现中枢神经系统症状，表现为高热、意识障碍、惊厥等。
典型的病例一般病程可以分四个阶段，初期以高热为主，伴有恶心、呕吐，部分患者有嗜睡、精神倦怠等，病程1-3天，体温可以高达40℃以上，症状逐渐加重，意识明显障碍，可出现昏迷。严重者出现脑实质的病变，而出现中枢性的呼吸衰竭。恢复期及其过后体温逐渐下降，精神和神经症状逐渐好转。后遗症期至半年之后又有精神神经症状，主要表现是意识障碍、痴呆、失语，及肢体瘫痪、癫痫等。