巧克力囊肿手术后会有复发的可能性，而且复发的几率比较高，在50%左右。为了降低巧克力囊肿术后复发的几率，在术中的情况是最为关键的因素。如果囊肿与周围组织有致密的粘连，尤其是与肠管、输尿管有致密的粘连，此时也要尽量彻底清除病灶以及与之相应的粘连，必要时要请泌尿科的医生以及普外科的医生共同完成手术。术后是要应用GnRh-a类的药物或者地诺孕素等，进一步降低术后的复发几率。