目前临床上用于治疗结肠癌的化疗药物主要包括氟尿嘧啶、卡培他滨、奥沙利铂、伊立替康、雷替曲塞等，其中氟尿嘧啶是治疗结肠癌的基础用化疗药物，很多药物均是氟尿嘧啶的衍生物。
应用氟尿嘧啶后常见的严重不良反应是心脏的毒性，对于既往有心脏病基础病患者应该谨慎用药，必要时需要换用雷替曲塞来进行抗肿瘤治疗。
卡培他滨用药后常见的不良反应是手足综合征，奥沙利铂属于第三代铂类的抗肿瘤化疗药物，用药后常见的不良反应是神经系统的不良反应，在用药后要嘱患者避免接触凉性物体。
伊立替康用药后常见的不良反应是腹泻，严重的甚至危及生命，因此在用药前需要抽血化验以预测发生腹泻的风险。