月经期正值机体免疫力低下和抵抗力降低，这时注射乙肝疫苗后，人体所产生的乙肝抗体也会比较虚弱，乙肝抗体滴度达不到10个以上高值，对人体的防御机制也会大大降低，所以月经期最好不要接种乙肝疫苗，可以选择经前或经后接种。
乙肝疫苗虽然是用来防止感染乙肝病毒一种非常有效的手段，但也有少数人接种后会出现轻微的发热、头痛等全身不适。如果经期本就合并头痛、腹胀及痛经的症状，就更不能选择这时期接种乙肝疫苗，如果此时接种不仅会加重身体原有的不适，此时注射乙肝疫苗效果更不会很明显，只有在机体免疫力和抵抗力正常的时候接种，才可以保证注射乙肝疫苗后，体内的乙肝抗体保持在高滴度值上，对身体的保护机制也会加强。