红斑狼疮是一种病因不明的累及多器官、多系统的结缔组织病。研究认为红斑狼疮的发病主要与遗传因素、性激素、环境因素以及药物感染因素有关。遗传因素是发现系统性红斑狼疮有明确的家族聚集倾向，遗传率大概是43%左右。性激素是因为红斑狼疮多见于育龄期的女性，妊娠可以诱发或加重红斑狼疮，紫外线的照射也可以使狼疮加重或诱发狼疮。还有一些药物，包括甲基多巴、异烟肼、生物制剂这些药物，也都可以诱发药物性狼疮。此外，感染，例如EB病毒感染、链球菌感染，也可以诱发或加重。
目前认为狼疮的发病还与患者的免疫异常有关，在遗传易感基因的作用下加上环境因素、性激素的影响，共同导致狼疮患者免疫的紊乱，导致自身免疫相关基因过度的表达，使得B细胞功能亢进，产生多种自身抗体，包括特异性和非特异性的抗体。这些自身抗体通过Ⅰ型到Ⅳ型的超敏反应，引起多器官、多系统的损伤，最终导致狼疮的发生与发展。