孩子指甲凹凸不平的原因，常见以下几个方面：
1、营养不良：例如孩子缺乏维生素或者是微量元素的时候，容易出现指甲凹凸不平的现象。当缺乏铁、钙、锌的时候，孩子指甲表面会变得不是很光滑，而且会有凹凸不平的现象，需要及时到医院就诊，化验微量元素，如果确实存在微量元素缺乏，要注意积极补充微量元素。在日常生活当中，要注意均衡营养，不能挑食、偏食，同时也要注意多吃富含钙、铁、锌的食物，指甲凹凸不平的现象才会逐渐改善。
2、真菌感染：破坏了指甲的甲床，导致指甲出现凹凸不平的现象，同时还可以表现出指甲增厚、变黄，需要及时带孩子到医院就诊，如果确定是真菌感染，需要积极给予抗真菌治疗，同时要做好个人卫生。