肝穿刺活检的危害主要是其属于有创性的操作，会引起一系列的风险与并发症，具体如下：
第一、如肝脏穿刺穿刺点的出血、腹腔内的出血，损伤周围的组织、器官，引起肝脏损伤、胆瘘、肝内动静脉瘘、肝内感染、腹腔感染，以及穿刺到肺部引起气胸。如果是针对肿瘤的穿刺，恶性肿瘤穿刺过程中有可能导致肿瘤通过针道的转移。
第二、肝穿刺活检某些情况下，可能无法明确其具体的病理，因为取样的组织过少，或者有假阴性的概率。
第三、某些情况下针对确定是癌肿的患者，一般不建议行肝穿刺活检，因为肝穿刺活检容易造成肿瘤破裂、转移的可能。
但如今肝穿刺活检相对是比较安全的操作，其安全度较高，风险发生概率较低。